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微生物實驗室的組成主要有：準備室、微生物培養室、器械消毒及清洗室、純水室、檢測室、菌種室、儲藏室等。

微生物實驗根據工作領域（食品、藥品、醫療等）和性質（教學、生產、研究、檢測等）的不同，實驗室組成和規模有很大差別。

實驗室應設置成單獨的區域，與其它實驗室分開，門口設有門禁，非相關人員不得進入，各室根據工作內容合理布局，既方便工作又不互相影響。

入口處設置集中式更間，培養室根據培養條件和種類不同可設置多間（如霉菌培養室、細菌培養室、固體培養室、液體培養室等）。

應自成一區，安排在實驗室的靠邊角落處，用密封門控制人員的進出，把有潔凈要求的房間設置在人員干擾較少的地方，把輔助房間設置在外部。考慮微生物實驗操作流程，方便人流與物流的份額里。為控制人員的出入（人流），只設有一個密封門進入微生物實驗室主潔凈區，操作人員進入走廊然后進入準備間，并從準備間分別經過一更、二更、緩沖進入操作區。物流則由傳遞窗實現。排風口裝有高效過濾器，送風口裝有高效過濾靜壓箱，室內送排風槽上送下排方式，室內排風單側布置，不得有障礙。余壓閥自動調節室內壓力，保持正壓潔凈狀態。